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北京交通大學(xué)科研力量雄厚，產(chǎn)學(xué)研合作日益增強。學(xué)校的科學(xué)研究領(lǐng)域不斷拓寬，在科研及產(chǎn)業(yè)化方面均取得了可喜成績。學(xué)?，F(xiàn)有38個研究所和研究中心及41個實驗室；擁有教學(xué)、科研儀器設(shè)備固定資產(chǎn)5.23億元。學(xué)校圖書館藏書138.6萬冊，有縮微、聲像、光盤等各種影像、電子圖書資料33萬冊，有中文數(shù)據(jù)庫18種22個，西文數(shù)據(jù)庫22種33個，網(wǎng)絡(luò)資源等累計195萬余冊，學(xué)位論文全文118萬余篇。建成鐵路交通運輸特色數(shù)據(jù)庫，有設(shè)備完善和技術(shù)先進的電子閱覽室和音像室。
國家（級）重點實驗室（研究機構(gòu)）（10個）
軌道交通控制與安全國家重點實驗室
下一代互聯(lián)網(wǎng)互聯(lián)設(shè)備國家工程實驗室
高速鐵路系統(tǒng)試驗國家工程實驗室
軌道交通運行控制系統(tǒng)國家工程研究中心
風(fēng)力發(fā)電國家工程技術(shù)研究中心北京分中心
電磁兼容國家認證實驗室（3C認證）
結(jié)構(gòu)強度檢測國家認證實驗室（3C認證）
網(wǎng)絡(luò)管理國家認證實驗室（3C認證）
國家大學(xué)科技園
國家軟件示范學(xué)院
省部級重點實驗室（24個）
全光網(wǎng)絡(luò)與現(xiàn)代通信網(wǎng)教育部重點實驗室
發(fā)光與光信息技術(shù)教育部重點實驗室
城市交通復(fù)雜系統(tǒng)理論與技術(shù)教育部重點實驗室
載運工具先進制造與測控技術(shù)教育部重點實驗室（軍工）
城市地下工程教育部重點實驗室
隧道與地下工程教育部工程研究中心
電力牽引教育部工程研究中心
高速鐵路網(wǎng)絡(luò)管理教育部工程研究中心
軌道車輛結(jié)構(gòu)可靠性與運用檢測技術(shù)教育部工程研究中心
城市軌道交通CBTC系統(tǒng)北京市高等學(xué)校工程研究中心
教育部行業(yè)特色研究型大學(xué)發(fā)展戰(zhàn)略研究中心（教育部戰(zhàn)略研究基地）
鐵路基礎(chǔ)數(shù)據(jù)整合及信息服務(wù)平臺（教育部科技基礎(chǔ)資源數(shù)據(jù)平臺）
城市軌道交通自動化與控制北京市重點實驗室
現(xiàn)代信息科學(xué)與網(wǎng)絡(luò)技術(shù)北京市重點實驗室
物流管理與技術(shù)北京市重點實驗室
通信與信息系統(tǒng)北京市重點實驗室
運輸自動化與通信鐵道部重點實驗室
鐵路信息科學(xué)與工程鐵道部重點實驗室
信息存儲、顯示與材料鐵道部重點實驗室
光纖技術(shù)及鐵路應(yīng)用鐵道部重點實驗室
交通運輸智能技術(shù)與系統(tǒng)鐵道部重點實驗室
北京交通發(fā)展研究基地(北京市教委、市哲社辦)
首都大學(xué)生思想政治教育研究中心(北京市委教育工委、北京市教委)
城市交通北京技術(shù)轉(zhuǎn)移中心(北京市教委、市工促局)
國家權(quán)威研究（院）中心（4個）
中國產(chǎn)業(yè)安全研究中心
中國兼并重組研究中心
中國企業(yè)競爭力研究中心
中國交通運輸價格研究中心
中國現(xiàn)代軌道交通科學(xué)與技術(shù)研究院
下設(shè)五個研究中心：
中國高速鐵路研究中心
中國城市軌道交通研究中心
中國磁懸浮研究中心
中國管軌交通研究中心
中國綜合交通研究中心
教育部創(chuàng)新團隊（3個）
未來互聯(lián)網(wǎng)絡(luò)體系研究教育部創(chuàng)新團隊
列車運行組織及控制的基礎(chǔ)理論與方法教育部創(chuàng)新團隊
面向高速鐵路控制的無線移動通信系統(tǒng)研究教育部創(chuàng)新團隊
學(xué)校承擔(dān)了包括國家高新技術(shù)“863”計劃、國家發(fā)改委、科技部科技支撐項目、國家自然科學(xué)基金及國家社科基金項目在內(nèi)的各類科研課題4000余項。2006年以來3項主持項目獲國家“973”立項。2008年1項主持項目獲國家社科基金重大項目立項。2009年“雙主持”項目“復(fù)雜與高速條件下車載信號安全控制系統(tǒng)關(guān)鍵技術(shù)及應(yīng)用”獲國家科技進步獎二等獎。學(xué)校建立了GSM-R技術(shù)實驗室，主要進行中國鐵路新一代移動通信的調(diào)度指揮和無線傳輸?shù)龋芯砍晒麘?yīng)用于大秦線、膠濟線與青藏鐵路，填補了中國鐵路無線通信技術(shù)的空白?！盎谕ㄐ诺牧熊囘\行控制系統(tǒng)（CBTC）”取得關(guān)鍵技術(shù)研究的突破，具有完全自主知識產(chǎn)權(quán)，并將用于亦莊城軌線。2006年，該?！按蟪鞘薪煌〒矶缕款i的基礎(chǔ)科學(xué)問題研究”、“一體化可信網(wǎng)絡(luò)與普式服務(wù)體系下的基礎(chǔ)理論研究”兩項主持項目獲國家“973”項目立項。以我校土建學(xué)院張頂立教授為首席科學(xué)家組織申報的國家重點基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃（“973”計劃）項目《城市地下工程安全性的基礎(chǔ)理論研究》經(jīng)過函評、復(fù)評、綜合評審等三輪專家評審后獲得批準(zhǔn)立項，于2010年1月正式啟動。
學(xué)校注重發(fā)揮鐵路科研的優(yōu)勢和特色，堅持圍繞鐵路現(xiàn)代化建設(shè)及跨越式發(fā)展需要開展科技工作。學(xué)校承擔(dān)的科研項目在鐵路系統(tǒng)所占的份額一直保持著全國高校的領(lǐng)先位置。在國家“十五”重大工程----青藏鐵路建設(shè)、高速鐵路建設(shè)、全國鐵路六次大提速等相關(guān)科研工作中做出了重要貢獻，包括“青藏鐵路通訊信號方案”、“青藏鐵路特殊運輸組織模式研究”、青藏鐵路信息化規(guī)劃、建設(shè)管理信息系統(tǒng)和“機車隨車牽引實驗系統(tǒng)裝置”等科研項目；研制的微機聯(lián)鎖系統(tǒng)、機車主體化信號設(shè)備等在中國鐵路推廣，為確保鐵路行車安全和提高效率提供強有力技術(shù)保障。全面參與高速鐵路建設(shè)工作，組織校內(nèi)相關(guān)學(xué)院20多名教授全程參與高速鐵路六大系統(tǒng)招標(biāo)文件編寫與引進談判工作，成立了市部級交通產(chǎn)業(yè)研究基地，牽頭完成了“客運專線營運管理體制”等的研究，為鐵路跨越式發(fā)展提供理論支持、技術(shù)支持、人才支持。
科研經(jīng)費逐年大幅增加，“十五”期間科研合同經(jīng)費較“九五”期間增長了150%，縱向項目經(jīng)費比例超過50%；三大檢索數(shù)同期增長197%，2006年在全國高校SCI排名第39位，EI第35位，ISTP第11位。2005年，國家自然基金委和鐵道部設(shè)立了“鐵道聯(lián)合基金”，北京市在該校設(shè)立了“北京市城市交通技術(shù)轉(zhuǎn)移中心”和“北京交通發(fā)展研究基地”人文社科基地。近幾年來，該?！笆澜绲谝桓咚怼嗖罔F路多年凍土帶風(fēng)火山隧道施工技術(shù)”、“計算機信息安全防護技術(shù)”研究等3項項目成果獲得國家科技進步二等獎；“無水砂卵石地層盾構(gòu)施工關(guān)鍵技術(shù)研究”和由該校主持完成、擁有自主知識產(chǎn)權(quán)的BJTU IPV6無線/移動路由器獲得北京市科學(xué)技術(shù)獎一等獎；IPV6無線/移動路由器還被列入2006年國家產(chǎn)業(yè)化項目；“基于通信城軌列車控制系統(tǒng)（CBTC）”取得關(guān)鍵技術(shù)研究的突破，填補了國內(nèi)空白，形成了國內(nèi)首例具有自主知識產(chǎn)權(quán)的“基于通信的列車運行控制系統(tǒng)”，已經(jīng)在北京亦莊城軌線采用該系統(tǒng)。主持或參與北京奧運相關(guān)項目40余項?！氨本┙煌òl(fā)展研究報告”為北京市政府綜合交通科學(xué)決策提供依據(jù)和參考。學(xué)校加強了與地方、鐵路企業(yè)間長期、穩(wěn)定的產(chǎn)學(xué)研合作關(guān)系。2005年聯(lián)合國科教文組織在中國設(shè)立的“高等工科教育與產(chǎn)業(yè)合作教席”設(shè)在該校。市委教育工委、市教委依托該校建立了大學(xué)生思想政治教育研究的專門機構(gòu)--首都大學(xué)生思想政治教育研究中心。一年一度的“北京·中國交通論壇”已形成獨特的“品牌”。北京交通大學(xué)科技園2001年成為北京市市級大學(xué)科技園以來，在軌道交通產(chǎn)學(xué)研領(lǐng)域取得了明顯成果。